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Comptabilité d'une pharmacie au Maroc en 2026 : TVA, IS, marge réglementée, stocks, CNSS et tiers-payant AMO

Omar ELALAMI TREBKI
Omar ELALAMI TREBKI
Fondateur — Expert-Comptable & Commissaire aux Comptes
21 Juillet 202622 min de lecture
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Comptabilité d'une pharmacie au Maroc en 2026 — TVA, IS, marge réglementée, stocks, CNSS — NEXORA Expertise Comptable, Audit et Conseils

L'officine de pharmacie est l'une des entreprises les plus réglementées du Maroc : la profession est régie par la loi n° 17-04 portant Code du médicament et de la pharmacie, les prix sont administrés par le décret n° 2-13-852 du 18 décembre 2013 (PFHT, PPM, PPV) et les arrêtés du ministre de la Santé, la marge du pharmacien est dégressive et plafonnée, la TVA applique trois régimes distincts (exonération sans droit à déduction, taux réduit de 7 %, taux normal de 20 %), et la gestion des stocks — souvent 60 à 70 % de l'actif — exige une traçabilité par numéro de lot et date de péremption. À cela s'ajoutent la fiscalité IS/IR issue de la Loi de Finances 2026 (loi n° 50-25), la cotisation minimale, la conventionnement CNSS-AMO / CNOPS pour le tiers-payant, et la généralisation progressive de la facturation électronique DGI. Ce guide rédigé par NEXORA Expertise Comptable, Audit et Conseils — Casablanca détaille l'ensemble des règles applicables à une officine en 2026 : forme juridique (obligatoirement entre pharmaciens), marges réglementées, TVA médicaments et parapharmacie, IS et CM, comptabilité des stocks, tiers-payant, immobilisations et fonds de commerce, obligations sociales et pièges à éviter.

La pharmacie d'officine occupe une place singulière dans le tissu économique marocain : selon les données publiées par le Conseil National de l'Ordre des Pharmaciens (CNOP), le Royaume compte plus de 12 000 officines réparties sur l'ensemble du territoire, employant plusieurs dizaines de milliers de personnes. C'est aussi l'une des entreprises les plus encadrées du pays : les prix sont administrés, les marges sont réglementées, la profession est réservée à des pharmaciens diplômés inscrits à l'Ordre, et les obligations sanitaires (traçabilité, chaîne du froid, pharmacovigilance) se superposent aux obligations comptables et fiscales de droit commun.

Le cadre juridique repose sur la loi n° 17-04 portant Code du médicament et de la pharmacie, le décret n° 2-13-852 du 18 décembre 2013 fixant les modalités de fixation du prix public de vente des médicaments fabriqués localement ou importés, les arrêtés du ministre de la Santé et de la Protection Sociale arrêtant la liste des prix, la loi n° 84-12 relative aux dispositifs médicaux, la loi n° 65-00 portant Code de la couverture médicale de base (AMO) et le Code Général des Impôts (CGI) consolidé par la Loi de Finances 2026 (loi n° 50-25). À cela s'ajoutent, sur le plan social, le Dahir n° 1-72-184 relatif au régime de sécurité sociale (CNSS) et la loi n° 65-00 pour l'AMO.

Ce guide rédigé par NEXORA Expertise Comptable, Audit et Conseils — Casablanca, cabinet inscrit à l'Ordre des Experts-Comptables (OEC), présente en 2026 les règles applicables à une officine de pharmacie : forme juridique autorisée, marges et prix administrés, régimes de TVA (exonération, 7 %, 20 %), impôt sur les sociétés, cotisation minimale, comptabilité des stocks et des lots, conventionnement CNSS / CNOPS et tiers-payant AMO, fonds de commerce, obligations sociales et facturation électronique DGI.

Ce qu'il faut retenir en 2026
  • Profession réglementée : l'officine est réservée à des pharmaciens diplômés inscrits à l'Ordre (loi n° 17-04). Elle ne peut être exploitée qu'en nom propre, en SNC entre pharmaciens ou en SARL entre pharmaciens.
  • Prix administrés : le décret n° 2-13-852 et les arrêtés du ministère de la Santé fixent le PFHT (prix fabricant HT), le PPM (prix public Maroc) et le PPV (prix public de vente). Le pharmacien ne fixe pas ses prix pour les médicaments.
  • Marge du pharmacien : dégressive selon des paliers fixés par le décret 2-13-852 (30 % sur les prix bas, taux réduits sur les tranches supérieures, marge forfaitaire au-delà d'un plafond). Objectif : rendre les médicaments plus accessibles.
  • TVA : 7 % avec droit à déduction sur les médicaments (art. 99-1° CGI), exonération sans droit à déduction pour la vente au détail par les pharmaciens (à distinguer des exonérations avec droit à déduction pour médicaments contre les maladies graves — art. 92 CGI), 20 % pour la parapharmacie, les cosmétiques et les dispositifs médicaux non exonérés.
  • IS (LF 2026) : 20 % jusqu'à 100 M MAD de bénéfice net, 35 % au-delà. Cotisation minimale 0,25 % du CA HT (art. 144 CGI), plancher 3 000 MAD. La CM est un point critique pour les officines à forte rotation et faible marge nette.
  • Stocks : 60 à 70 % de l'actif d'une officine. Inventaire physique annuel obligatoire (CGNC), traçabilité par numéro de lot et date de péremption, provision pour médicaments périmés.
  • Tiers-payant : conventionnement CNSS-AMO, CNOPS, mutuelles et assurances. Génère une créance permanente sur les organismes payeurs (délais 60 à 120 jours), à provisionner en cas de rejet.
  • Facturation électronique : généralisation progressive par la DGI à partir de 2026, calendrier échelonné selon le chiffre d'affaires.
01 — Cadre légal

La pharmacie d'officine, une profession réglementée par la loi n° 17-04

La loi n° 17-04 portant Code du médicament et de la pharmacie, promulguée par le Dahir n° 1-06-151 du 22 novembre 2006, constitue le socle juridique de la profession. Elle définit les conditions d'exercice, les conditions d'ouverture d'une officine, la propriété du fonds, les obligations professionnelles et les règles de déontologie.

Qui peut exploiter une pharmacie d'officine ?

La loi 17-04 réserve la propriété et l'exploitation d'une officine aux pharmaciens titulaires du diplôme de docteur en pharmacie, inscrits au tableau de l'Ordre des Pharmaciens. Le pharmacien doit être marocain (ou avoir obtenu une équivalence) et résident au Maroc. Chaque pharmacien ne peut être propriétaire que d'une seule officine qu'il exploite personnellement.

Formes juridiques autorisées

La loi 17-04 restreint fortement les formes d'exploitation. Une officine peut être exploitée :

  • En nom propre (entreprise individuelle du pharmacien), soumise à l'IR professionnel ;
  • En Société en Nom Collectif (SNC) entre pharmaciens exclusivement ;
  • En SARL entre pharmaciens exclusivement (tous les associés doivent être pharmaciens inscrits à l'Ordre).

Sont exclues les formes ouvertes à des non-pharmaciens (SA, SAS, associés investisseurs non-pharmaciens). Cette règle protège l'indépendance professionnelle et interdit la financiarisation des officines par des groupes capitalistiques.

Ouverture d'une officine : autorisation préalable

L'ouverture d'une officine est soumise à autorisation préalable du ministre de la Santé et de la Protection Sociale (art. 63 et suivants de la loi 17-04), après avis de l'Ordre des Pharmaciens. Les critères tiennent compte notamment de la démographie pharmaceutique (quotas par commune) et de la distance minimale entre officines.

02 — Prix et marges

Prix administrés et marge réglementée du pharmacien

Depuis le décret n° 2-13-852 du 18 décembre 2013 (Bulletin officiel n° 6222) et les arrêtés successifs du ministère de la Santé, les prix des médicaments au Maroc sont administrés. Le pharmacien d'officine ne fixe pas librement ses prix de vente pour les médicaments : ils sont déterminés selon une méthodologie prévue par le décret.

Les trois niveaux de prix

SigleSignificationQui le fixe ?
PFHTPrix Fabricant Hors TaxeFixé par arrêté du ministre de la Santé sur proposition du laboratoire, selon la méthodologie du décret 2-13-852 (référence à un panier de pays comparables).
PPMPrix Public Maroc (hors TVA)Résulte du PFHT + marge grossiste-répartiteur + marge pharmacien selon barème dégressif.
PPVPrix Public de Vente (TTC)PPM + TVA au taux applicable. C'est le prix payé par le patient au comptoir.

La marge dégressive du pharmacien

La marge de l'officinal est dégressive et plafonnée. Elle est plus élevée en pourcentage sur les médicaments à faible prix et plus faible — voire forfaitaire — sur les médicaments coûteux. Cette architecture, inspirée de systèmes européens comparables, vise à garantir l'accès aux médicaments coûteux tout en préservant la viabilité économique des petites officines. Le barème exact (paliers et taux) est fixé par le décret 2-13-852 et actualisé par voie réglementaire ; l'expert-comptable de l'officine doit s'assurer que le logiciel métier (LGO — Logiciel de Gestion d'Officine) applique la version en vigueur.

Conséquence comptable

Les prix étant administrés, la marge brute d'une officine varie peu : la performance dépend du volume, du mix produits (part de la parapharmacie à marge libre), de la gestion des stocks (rotation, périmés) et de la maîtrise des charges (loyer, salaires, cotisations).

03 — TVA

La TVA des officines : trois régimes à distinguer

La TVA appliquée en officine est l'un des points les plus délicats. Le Code Général des Impôts distingue plusieurs situations qu'il faut paramétrer correctement dans le logiciel de caisse et le logiciel comptable.

Médicaments courants : taux réduit de 7 % avec droit à déduction

Les médicaments fabriqués localement ou importés relèvent en principe du taux réduit de 7 % prévu à l'article 99-1° du CGI, avec droit à déduction de la TVA d'amont. Ce taux s'applique aux médicaments à usage humain disposant d'une AMM (Autorisation de Mise sur le Marché) délivrée par la Direction du Médicament et de la Pharmacie.

Médicaments contre les maladies graves : exonération avec droit à déduction

L'article 92 du CGI exonère de TVA, avec droit à déduction, certains médicaments considérés comme essentiels au regard de la santé publique : notamment ceux destinés au traitement du cancer, du SIDA, des hépatites B et C, des maladies cardiovasculaires graves, du diabète, de l'asthme, de certaines maladies mentales et de la méningite (liste fixée par arrêté conjoint des ministres de l'Économie et des Finances et de la Santé). L'exonération à ce titre bénéficie du droit à déduction, ce qui préserve la neutralité de la TVA pour l'opérateur.

Parapharmacie, cosmétiques, dispositifs médicaux hors liste : 20 %

La parapharmacie (compléments alimentaires, produits d'hygiène, cosmétiques, produits capillaires, articles de puériculture, dermocosmétique) ainsi que les dispositifs médicaux non repris dans les listes exonérées relèvent du taux normal de 20 %. Le paramétrage TVA au niveau du code CIP / code produit est indispensable pour éviter des redressements en cas de contrôle.

Ventes hors laboratoires / rétrocessions

Certaines opérations spécifiques (préparations magistrales, préparations officinales, produits vétérinaires) suivent leur propre régime — à sécuriser au cas par cas avec l'expert-comptable.

Vigilance

Une officine typique manipule plusieurs milliers de références soumises à des régimes de TVA différents. Un paramétrage LGO fiable et une revue annuelle par l'expert-comptable sont indispensables : un mauvais codage TVA sur un produit à fort volume peut générer un rappel significatif sur trois exercices (délai de reprise, art. 232 du CGI).

04 — IS et cotisation minimale

Impôt sur les sociétés, IR et cotisation minimale en 2026

La fiscalité directe dépend de la forme d'exploitation choisie.

Officine en nom propre : IR professionnel

Le pharmacien exerçant en nom propre relève de l'IR professionnel. Deux régimes sont envisageables :

  • Régime du résultat net réel (RNR) : obligatoire au-delà de 2 000 000 MAD de chiffre d'affaires pour les activités commerciales, donc quasi systématiquement applicable en officine — bénéfice imposé au barème progressif de l'IR jusqu'à 37 % pour la tranche supérieure ;
  • Régime du résultat net simplifié (RNS) : envisageable en dessous du seuil, rarement pertinent pour une officine.

La cotisation minimale à l'IR professionnel s'applique dans les conditions de l'article 144 du CGI.

Officine en SARL entre pharmaciens : IS

La SARL entre pharmaciens est soumise à l'impôt sur les sociétés selon le barème LF 2026 :

Bénéfice net fiscalTaux IS 2026
≤ 100 000 000 MAD20 %
> 100 000 000 MAD35 %

Les dividendes distribués aux associés pharmaciens sont soumis à la retenue à la source sur produits des actions, dont le taux converge à 11,25 % en 2026.

Cotisation minimale : point critique en officine

La cotisation minimale (CM), prévue par l'article 144 du CGI, est due même en cas de bénéfice faible ou de déficit : 0,25 % du chiffre d'affaires HT pour les sociétés soumises à l'IS. Elle est imputable sur l'IS des trois exercices suivants. Sur une officine réalisant 10 M MAD de CA, la CM ressort à 25 000 MAD minimum. Une officine à faible marge nette (structure de coûts lourde, forte concurrence) paiera fréquemment la CM plutôt que l'IS de droit commun : il faut le simuler dès le business plan.

05 — Stocks et inventaire

La comptabilité des stocks : le cœur de l'officine

Les stocks représentent typiquement 60 à 70 % de l'actif circulant d'une officine et pèsent lourdement sur la trésorerie. Leur gestion comptable et physique est un enjeu majeur.

Inventaire physique annuel obligatoire

Le Code Général de Normalisation Comptable (CGNC) et l'article 5 de la loi comptable n° 9-88 imposent la tenue d'un inventaire physique complet à la clôture de chaque exercice. En officine, cet inventaire doit être réalisé référence par référence, avec relevé des numéros de lot et des dates de péremption. Il est vivement recommandé de procéder à des inventaires tournants trimestriels pour sécuriser les données du LGO.

Traçabilité par lot et par date de péremption

La loi 17-04 impose la traçabilité des médicaments. Le LGO doit permettre :

  • La saisie du numéro de lot et de la date de péremption à la réception ;
  • La gestion FIFO (First In, First Out) au moment de la délivrance ;
  • L'édition d'états de péremption à 90, 60 et 30 jours ;
  • Le rappel de lots (procédure de retrait sanitaire décidée par le ministère de la Santé ou le fabricant).

Médicaments périmés : provision et destruction

Les médicaments périmés doivent être sortis du stock, isolés et détruits selon les procédures sanitaires en vigueur (souvent via des prestataires agréés). Comptablement :

  • Une provision pour dépréciation des stocks doit être constituée à la clôture pour les produits proches de la péremption ou à faible rotation (art. 10 loi 9-88 — principe de prudence) ;
  • La destruction effective est comptabilisée en charge exceptionnelle avec conservation des bons de destruction pour justifier la sortie fiscale du stock (attention : sans preuve documentée, l'administration peut réintégrer la perte).
06 — Tiers-payant AMO

Conventionnement CNSS / CNOPS et tiers-payant

La loi n° 65-00 portant Code de la couverture médicale de base, complétée par les textes relatifs à la généralisation de l'AMO, fait de la pharmacie l'un des acteurs clés du tiers-payant. Le patient assuré ne règle que la part complémentaire (ticket modérateur) ; l'officine se fait rembourser le reste directement par l'organisme payeur.

Les organismes concernés

  • CNSS-AMO pour les salariés du secteur privé et les indépendants (AMO-TNS) ;
  • CNOPS pour les fonctionnaires et agents de l'État ;
  • Diverses mutuelles et compagnies d'assurance conventionnées.

Impact comptable

Le tiers-payant génère une créance permanente sur les organismes payeurs, avec des délais de règlement typiques de 60 à 120 jours. Cette créance doit être :

  • Suivie dans un compte de créances tiers-payant distinct du compte clients ordinaires ;
  • Rapprochée mensuellement avec les bordereaux de remboursement ;
  • Provisionnée en cas de rejets récurrents (dossiers incomplets, produit hors liste des médicaments remboursables, ordonnance non conforme).

La tension de trésorerie qui en résulte est structurelle : l'officine paie ses fournisseurs (répartiteurs) à 30/60 jours et encaisse les remboursements à 60/120 jours. Un besoin en fonds de roulement (BFR) important est à financer par des lignes de découvert autorisé, du Dailly ou de l'affacturage sur créances AMO.

07 — Fonds de commerce

Fonds de commerce, droit au bail et rachat d'officine

L'acquisition d'une officine se fait généralement par rachat d'un fonds de commerce (art. 79 et suivants du Code de commerce) auprès d'un pharmacien cédant, sous réserve de l'autorisation ministérielle de transfert et de l'avis de l'Ordre des Pharmaciens.

Traitement comptable

  • Le fonds de commerce (clientèle, droit au bail, enseigne) est comptabilisé à l'actif immobilisé incorporel (compte 2230 selon CGNC) ;
  • Il n'est pas amortissable (durée d'utilisation indéfinie) mais fait l'objet d'un test de dépréciation périodique ;
  • Le stock racheté est valorisé au prix convenu et comptabilisé au 311 (Stock de marchandises) ;
  • Les agencements et matériel (mobilier, informatique, LGO, meubles de rangement, chambre froide) sont amortissables selon leur durée d'utilité (généralement 5 à 10 ans).

Fiscalité du cédant

La plus-value de cession du fonds de commerce est imposée selon les règles applicables (IR ou IS selon la structure). Un accompagnement par l'expert-comptable est indispensable pour préparer la cession, chiffrer la plus-value et sécuriser les modalités de paiement (crédit-vendeur, séquestre).

08 — Charges sociales

CNSS, AMO et charges de personnel

Une officine emploie généralement 2 à 8 personnes : pharmaciens assistants, préparateurs, caissiers, agents de nettoyage. Toutes les embauches déclenchent :

  • La déclaration à la CNSS dans les 30 jours suivant l'embauche ;
  • Le paiement mensuel via DAMANCOM des cotisations part patronale (21,09 %) et part salariale (6,74 %) — voir notre article dédié ;
  • La contribution à la Taxe de Formation Professionnelle (TFP) de 1,60 % ;
  • La retenue à la source de l'IR sur salaires et le versement à la DGI.

Le pharmacien titulaire exerçant en nom propre relève de l'AMO-TNS (loi 98-15) et cotise en tant que travailleur non salarié. En SARL, le gérant associé est en principe assimilé à un salarié pour la CNSS.

09 — Facturation électronique

Facturation électronique DGI : ce qui change pour les officines

La Loi de Finances 2026 et la Note circulaire de la DGI relative aux mesures fiscales de la LF 2026 confirment la généralisation progressive de la facturation électronique pour les entreprises soumises à la TVA, selon un calendrier échelonné. Concrètement pour une officine :

  • Les ventes B2C au comptoir continueront pour la plupart à donner lieu à un ticket de caisse ; les modalités techniques (transmission agrégée) seront précisées par la DGI ;
  • Les ventes B2B (à des cliniques, cabinets, institutions) et les factures aux organismes payeurs devront basculer en facture électronique transmise à la plateforme DGI selon le modèle clearance ;
  • Le LGO devra être mis à jour ou interfacé avec un PDP (Plateforme de Dématérialisation Partenaire) agréée ;
  • L'archivage électronique à valeur probante devient un standard.

NEXORA Expertise Comptable, Audit et Conseils recommande d'anticiper dès 2026 la mise à niveau du LGO et le paramétrage des matrices TVA pour éviter tout retard au moment de l'entrée en vigueur.

10 — Ratios & pilotage

Les indicateurs à suivre dans une officine

Au-delà de la comptabilité obligatoire, un bon pilotage d'officine s'appuie sur quelques ratios simples :

IndicateurOrdre de grandeurCe qu'il mesure
Marge brute globale25 % à 30 %Sensiblement contrainte par la réglementation des prix ; améliorée par la part de parapharmacie.
Rotation des stocks8 à 12 fois / anUne rotation faible signale du sur-stockage, du capital immobilisé et un risque de péremption.
Part parapharmacie15 % à 25 % du CALevier majeur de rentabilité (marges libres, TVA 20 % récupérable).
Créances tiers-payant15 % à 25 % du CA annuelTraduit le poids du tiers-payant dans le BFR ; à financer.
Charges de personnel8 % à 12 % du CAPremier poste de charge après les achats. À optimiser par la productivité et la formation.
Résultat net / CA2 % à 6 %Faible en apparence, mais rapporté au capital investi la rentabilité reste attractive.
11 — Mission NEXORA

L'accompagnement NEXORA Expertise Comptable, Audit et Conseils

NEXORA Expertise Comptable, Audit et Conseils accompagne les pharmaciens d'officine et les groupements pharmaceutiques à Casablanca, Rabat, Tanger et partout au Maroc. Nos missions récurrentes couvrent :

  • Constitution de la structure (nom propre, SARL entre pharmaciens) et rédaction des statuts ;
  • Cadrage fiscal : choix IR/IS, simulation de la cotisation minimale, arbitrage rémunération / dividendes ;
  • Rachat d'officine : audit d'acquisition, valorisation du fonds de commerce, structuration du financement, formalisation des actes ;
  • Tenue comptable mensuelle, paramétrage TVA au niveau du LGO, interface avec les répartiteurs ;
  • Déclarations fiscales : TVA mensuelle ou trimestrielle, acomptes IS, liasse fiscale, IR sur salaires ;
  • Paie et social : bulletins de paie, DAMANCOM, contrats de travail, gestion des congés ;
  • Suivi tiers-payant : rapprochement des bordereaux CNSS-AMO et CNOPS, provisions sur rejets ;
  • Tableaux de bord : marge brute, rotation des stocks, périmés, BFR, seuil de rentabilité ;
  • Préparation à la facturation électronique DGI : audit du LGO et choix d'une PDP.

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